Game lấy bối cảnh ở đất nước Ba Tư , sau khi Hoàng tử đã thoát khỏi các sự kiện trong The Sands of Time, nhưng bị một thực thể siêu nhiên tên là Dahaka truy đuổi liên tục. Nguyên nhân là vì anh đã thay đổi dòng thời gian, tạo ra một nghịch lý khiến bản thân trở thành mục tiêu của số phận. Để trốn thoát, Hoàng tử lên đường tìm kiếm Đảo Thời Gian nhằm quay ngược thời gian và ngăn chặn sự tạo thành của Sands of Time để thoát khỏi Dahaka mãi mãi.