Prince of Persia: Warrior Within có một cốt truyện xoay quanh cuộc hành trình của Hoàng tử Ba Tư để thay đổi số mệnh của mình. Trong phần này, Hoàng tử phát hiện ra rằng việc giải phóng Cát Thời Gian đã khiến một sinh vật tên là Dahaka – đại diện cho số mệnh – săn lùng và truy sát anh.
Hoàng tử quyết định trở lại Đảo Thời Gian, nơi Cát Thời Gian được tạo ra, với hy vọng ngăn chặn việc tạo ra chúng và thay đổi số phận của mình. Trên đường đi, anh gặp phải nhiều kẻ thù và đồng minh mới, bao gồm Kaileena, người giám hộ Cát Thời Gian, và Shahdee, một sát thủ bí ẩn. Cốt truyện của game tập trung vào cuộc đấu tranh của Hoàng tử với Dahaka và những bí ẩn xung quanh Đảo Thời Gian.
Câu chuyện cũng xoay quanh mối quan hệ phức tạp giữa Hoàng tử và Kaileena, với nhiều yếu tố bất ngờ và xung đột. Đây là một hành trình đầy thách thức và hiểm nguy, khi Hoàng tử cố gắng vượt qua số mệnh và tìm kiếm sự giải thoát cho mình.